Владиниот „Кингер“ со кој претседателот Трајковски патуваше на меѓународна конференција за инвестирање во Босна и Херцеговина, на 26.02.2004 се урна во атарот на Матиќ Брдо, кај селото Хусковиќи во близина на Мостар. Авионот требаше да слета на мостарскиот аеродром во осум часот по локално време. Остатоците беа пронајдени 24 часа по паѓањето на авионот.
Едногодишната истрага што ја водеа надлежните македонски и босански органи покажа дека причина за уривањето се пропусти на екипажот направени во процедурата за приоѓање на аеродромот Мостар во услови на сложена метеролошка состојба, густа магла и облачност. Пропустите биле во тоа што екипажот отстапил од процедурата за слетување, откако претходно ја известил контролата на летање дека ја прифаќа процедурата и дека врши полна процедура при слетувањето.
Министерството за внатрешни работи неодамна побара од Јавното обвинителство да се отвори повторно истрага за несреќата што беше одбиено со образложение дека одлуката е донесена врз основа на грижлива, совесна и сеопфатна анализа на комплетниот прибавен доказен материјал непосредно по падот на авионот и оти нема нови докази за повторување на истрагата.
И швајцарскиот европратеник Андреас Грос недоамна најави дека од Советот на Европа ќе бара да се отвори нова истрага за смртта на Трајковски, бидејќи поседувал дополнителни информации. Грос, инаку личен пријател на трагично загинатиот претседател, за оваа намера добил поддршка од речиси сите партии во Европскиот парламент.
Во несреќата покрај Трајковски животот го загубија Димка Илкова-Бошковиќ, Ристо Блажевски и Анита Кришан Лозановска од Кабинетот на претседателот, Миле Крстевски од Министерство за надворешни работи, Борис Велинов и Аце Божиновски членови на обезбедувањето и пилотите Марко Марковски и Бранко Ивановски.
На местото на несреќата една година по паѓањето на авионот беше откриен споменик, на кој во изминатите две години се одржуваше централното одбележување. Годинава цвеќе на споменикот ќе положи државна делегација предводена од потпретседателот на Собранието на Република Македонија Иван Анастасовски.
Во рамките на вториот Меѓународен лидерски форум што го организира фондацијата „Борис Трајковски“, синоќа се одржа свечена академија во спомен на трагично загинатиот претседател Борис Трајковски, на која премиерно беше прикажан документарниот филм „Верувам во Македонија“, кој претставува приказна за животот и мисијата на претседателот Трајковски.
